Si tienes un unico boleto del país de orígen, y país destino (PERO HACES ESCALA EN UN PUNTO INTERMEDIO) la aerolinea hace la transferencia. No importa si un tramo es hecho por LAN airlines y el otro por Avianca (lo tomo por ejemplo esas dos aerolíneas). Las aerolineas tienen acuerdos.
Pero si tienes dos boletos diferentes, comprados por separado, uno de tu país de origen a Lima y otro de Lima al país de destino. Entonces tienes que recoger la maleta, pasar aduana en Lima y hacer un nuevo check in.
En todo los casos, Siempre comenta y pregunta al encargado del mostrador de tu primer vuelo. A veces los sistemas fallan, o pasan cosas y hacen exepciones a las reglas.